1958年，经重庆市市中人民委员会卫生科批准，成立重庆市市中区小什字联合医院。

1984年，经重庆市市中区卫生局批准，更名为重庆市市中区第三人民医院。

1995年，重庆市行政区划调整，医院改名为重庆市渝中区第三人民医院。

2014年，经上级批准医院更名重庆朝天门医院。

2014年，经上级批准成立重庆俞中皮肤病研究院。

2016年，经上级批准成立重庆朝天门痘康青春痘研究院。

2017年，医院整合名医资源，特聘资深皮肤专家入驻医院，成立“京沪渝皮肤病专家门诊”。

2018年，成为“全科医学协作平台”国际皮肤病联合诊疗中心。